Naxçıvan Dövlət Universitetinin Elmi Kitabxanası 1968-ci il aprel ayının 23-dən fəaliyyət göstərir. İctimai əsaslar üzrə kitabxanaya rəhbərlik o zaman tədris işləri üzrə direktor müavini vəzifəsində işləyən filologiya elmləri namizədi Yavuz Axundova tapşırılmışdır.

   Yenicə təşkil olunmuş kitabxananın fondunu yaratmaq üçün vəsait ayrılmış, lazımi ədəbiyyat və materiallarla təmin edilmişdir. Cəmi 370 kitabla fəaliyyətə başlayan kitabxananın fondu qısa bir zamanda zənginləşmişdir. Bura Azərbaycan və rus dillərində olan 290-dan artıq kitab Bakı Dövlət Universitetindən və AMEA-nın Mərkəzi Elmi Kitabxanasından, M.F.Axundov adına kitabxanadan və müxtəlif institutların kitabxanalarından hədiyyə edilmişdir.

   1971-ci ildə yalnız 1 şöbədən və 1 oxu zalından ibarət olan kitabxanaya o zaman institutun tarix-filologiya fakültəsində qiyabi təhsil alan Novruz Quliyev, 1972-ci ildə isə institutun «Pedaqogika» kafedrasında laborant işləyən, hazırda həmin kafedranın müəllimi Bəyim Vəkilova, sonra müxtəlif illərdə Şövkət Qasımova, Qafar Əliyev, Teyyubə Abdullayeva, Pərvin Əliyeva və Aypara Behbudova rəhbərlik etmişlər. Hazırda NDU-nun Elmi Kitabxanasının direktoru Fariz Əhmədovdur.

   Kitabxanada ədəbiyyat mübadiləsini təşkil etmək məqsədi ilə hələ keçən əsrin səksəninci illərində xüsusi fond yaradılmış, kitabxana keçmiş Sovet İttifaqının və bir sıra xarici ölkələrin elmi qurumları, kitabxanaları ilə mübadilə aparmışdır. Həmin dövrdə kitabxananın fondu nisbətən zənginləşmişdir ki, bunlardan 2000-dən artıq kitab mübadilə yolu ilə əldə edilmişdir. Respublikamızda nəşr edilmiş çap məhsullarının pulsuz məcburi nüsxələri ilə fond daha da zənginləşdirilmiş, məlumat-biblioqrafiya işinin yaxşılaşdırılması istiqamətində də bir sıra tədbirlər həyata keçirilmişdir.

   Kitabxananın fondunu 1985-ci ildə 60 min nüsxə Azərbaycan, rus və xarici dillərdə çap olunmuş nadir və müstəsna əhəmiyyətli nəsr əsərləri, elmi ədəbiyyatlar təşkil etmişdir. 1987-ci ildən kitabxana respublikada nəşr edilən çap məhsullarının pulsuz məcburi nüsxələrini almışdır. Naxçıan Dövlət Universitetinin kitabxanası 1996-cı ildən etibarən daha da təkmilləşdirilərək inkişaf etdirilmişdir.

  Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyevin rəhbərliyi sayəsində Naxçıvan Dövlət Universitetinin kitabxanası üçün yeni beşmərtəbəli bina inşa edilmişdir. Beləliklə, kitabxana 2004-cü ilin may ayında Avropa standartlarına uyğun beşmərtəbəli binaya köçürülmüşdür. Bundan sonra kitabxananın tarixində yeni inkişaf mərhələsi başlanmış, oxuculara xidmət işində mütərəqqi üsullar tətbiq edilmişdir.

  Görkəmli şəxslərin kitabxanaya kitab hədiyyə etməsi artıq ənənə halını almışdır. Belə ki, akademik İsa Həbibbəyli ,AMEA-nın müxbir üzvü, fizika-riyaziyyat elmləri doktoru, mərhum Zöhrab Vəliyev, akademik Budaq Budaqov, akademik Məmməd Cəfər Cəfərov, pedaqogika üzrə fəlssəfə doktoru, dosent Gültac Əliyeva və başqaları öz şəxsi kitab fondlarından kitabxanaya xeyli kitab hədiyyə etmişlər. Hətta NDU-nun rektoru, akademik İsa Həbibbəyli şəxsi kitabxanasındakı 21 000 ədəd kitabdan 5000 ədədini kitabxanaya hədiyyə etmişdir Muxtar Respublikada elm sahələri üzrə ən iri elmi kitabxana sayılan NDU Elmi Kitabxanasının fondunda dünyanın 30-dan çox dilində 200 000-dən artıq ədəbiyyat saxlanılır.

  Naxçıvan Dövlət Universiteti Elmi Kitabxanasının 11 nəfərdən ibarət Elmi Şura üzvləri var.

  NDU-nun kitabxanası dünya elmindən, beynəlxalq kitabxana təcrübəsindən bəhrələnərək oxuculara yüksəık səviyyədə xidmət göstərir. Fond və oxu zallarının hər birinin konkret elm sahələri üzrə ixtisaslaşdırılması və hər zalın ayrıca mərtəbələrdə yerləşdirilməsi bu kitabxananın Avropa kitabxana sisteminə inteqrasiyasının bəhrəsidir. Hazırda kitabxanada ayrı-ayrı elm sahələri üzrə ixtisaslaşdırılmış 11 fonr və 11 oxu zalı oxuculara yüksək səviyyədə xidmət göstərir.